Центральноамериканская Республика Гондурас занимает площадь 112 188 км2 и граничит с Карибским морем на севере и Тихим океаном на юго-западе. Соседние страны находятся на юго-востоке Никарагуа, на юго-западе Сальвадор и на западе Гватемала. Кроме того, архипелаг "Илас-де-ла-Баия", расположенный в Карибском море, входит в состав государственной территории. Самый большой остров из них - Роатан с одноименным городом.
Сельская местность Гондураса преимущественно гористая. Исключением является Москития, широкая прибрежная равнина на северо-востоке страны, а также узкая полоса низменностей в заливе Фонсека. По стране протекают многочисленные реки. Самыми водными из них являются Рио-Улуа на северо-западе, Рио-Акван на севере, Рио-Патука на северо-востоке и Рио-Кока на границе с Никарагуа. Все четыре реки впадают в Карибское море. Самая большая река, впадающая в Тихоокеанский залив Фонсека, - Рио-Чолутека. Самая высокая гора в стране - Серро-Лас-Минас высотой 2 865 м.